Az 1760-as évek Franciaországában egy ártatlan és életvidám lányt szülei kolostorba kényszerítenek. Suzanne (Pauline Etienne átütő alakításában) minden erejével lázad a fiatalság, a nőiség és az élet törvényeivel szemben álló rabság ellen. A korabeli egyház nem nézi jó szemmel a lány szabadulási törekvéseit, és nyers szadizmussal próbálja letörni azt: Suzanne-nak a zárda nővéreinek megaláztatásaival és szexuális erőszakoskodásával kell megküzdenie.
Guillaume Nicloux botrányfilmje a francia színjátszás krémjének segítségével mutatja be Az apáca történetét: Pauline Etienne és a zseniális Isabelle Huppert (Szerelem, 8 nő, A zongoratanárnő) mellett Louise Bourgoin (A legszebb dolog, A szerelem három évig tart, Adéle és a múmiák rejtélye) és Martina Gedeck (Az ajtó, A Baader Meinhof csoport, Bella Martha) is parádés alakítást nyújtanak a Berlinben Arany Medvére jelölt alkotásban.
